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张云起在文章指出：“农村集体土地制度改革，一直是我国改革开放的先声和贯穿整个过程的主要内容，我国需要打破高度集中的计划经济体制以及趋于固化的城乡分工格局，在70年代末期确立了家庭承包经营的农地基本经营制度，有效解放了劳动力，小农经济迎来复苏，然而，随着改革开放进程的加速，大量农村青壮劳力奔向城市务工，农地细碎化的小农经济难以为继，城乡要素单向流动，城乡二元结构加剧，传统的乡土中国正迎来结构性困境！”
写到这里，张云起从三个更深层次的角度指出，当前城乡二元结构下的“三农”所面临核心问题：
一是从工农关系角度来思考土地制度问题：在计划经济时代，农业和工业始终是处于相互补充地位，土地本身具有保生存和保建设的双重功能，在中国的现代工业基础体系建成之前，大量的农业人口为工业建设做出了巨大的牺牲。
二是从历史正义的角度来说，农业是工业的“债权人”，有理由要求在初步建立起现代工业体系之后，对广大农村进行一定的制度红利补偿，为农民提供更多的工业就业机会，为农业建设进行反向的工业资源输送。而问题恰恰在于，市场化改革遵循的是城市偏向的资本增殖逻辑，使得大量的工业资源和生产要素向城市集聚。农村和农业失去了与国有工业资源之间的显性或隐性的分配划拨关系，只剩下了市场交易关系。个体经营的农民因为户籍制度和土地制度的限制，失去了与城市市民相同的社会福利保障机会。农村发展与城市发展之间的有机联系被切断，城乡矛盾逐渐凸显出来。
三是从历史逻辑来说，本应尽快通过制度设计破解和扭转计划经济时代遗留的城乡二元分治格局，但是由于制度性断裂，市场法则逐步开始对土地制度和农业生产发挥着决定性影响，自由主义的市场逻辑反而更强化了城乡二元结构！
针对这三个问题，张云起毫不隐晦地指出：“近年来，浩荡的改革开放推动了社会经济大跨步发展，但是，农民群体不应该被历史的巨浪快速淹没。过度的强调市场化和超强的工业实力，它的隐忧在于商品积累，如何有效破解城乡二元结构，将决定未来三十年我国农村这个蓄水池的消费承接能力，粮食保障能力。”
张云起写道：“在这里，有一条可供参考的‘云溪经验’是，通过推动农村集体土地‘三权分置’改革，设立农村产权流转交易平台，推动城乡要素双向流动，壮大集体经济，发展现代化农业，促进农民增收。”
张云起写道：“当前，市场化经济改革是在不断推进的，未来的外部市场条件决定了必须将‘农业生产’升级到‘农业经营’的水平，必须引入资本将传统小农业生产模式改造成现代化大农业生产模式。而不论是城市的资本下乡，还是原来的农业生产者通过资本集聚的方式进行规模化投资，都意味着加速土地资源的流转与集中。进行更大规模的土地利用与开发，将成为我国农业发展的必然趋势！”
张云起写道：“现实中，农民的土地经营权利可以通过租赁等方式进行流转，然而在现有的农村土地政策体系中，这些农业经营者的身份却是尴尬的，经营权如何获得？有哪些权能？如何得到法律政策保护？缺少了明晰的界定！也缺少了主张权利的足够空间！”
张云起写道：“鉴于逐步加速的土地权属分离的局面，也为了保护和确认实际土地经营者的权益，推动城乡要素自由流动，壮大集体经济，发展现代化农业产业，应该考虑推动农村集体土地‘三权分置’改革，给拥有土地承包经营权的农民确权，将农村土地承包经营权拆分为承包权和经营权，允许农地经营权流转，从而对经营主体进行赋权颁证，充分保护经营主体权益的同时，也为经营的土地明确了物权属性，并且叠加了金融属性，获得了市场流动性。这一点，对于农村资源要素依托农村产权交易中心等城乡要素对接平台，让农民进城务工的同时，引入资金、技术、人才下乡，形成城乡要素自由流动，打破城乡二元结构，是至关重要的。”
张云起继续写道：“当然，不论是推动农村集体土地”三权分置“改革，还是建设农村产权交易中心等城乡要素对接平台，核心目的都是依托农地，壮大如村办合作社等村集体经济组织，大力推动建设村办企业，发展村集体经济，发展集约化、规模化、现代化的农业产业。”
张云起写道：“某种意义上讲，所谓村办企业，就是江川市国投的农村版本。当然，这中间也可以有诸多因地制宜的变种，如云溪村的华丰农业公司，这家村办公司由云溪村股份合作社全资控股，云溪村股份合作社则由联盛集团与全体云溪村民共同持股，为什么要引入联盛集团？因为云溪村的农民只有土地，没有资金，没有技术，没有农产品原料加工和销售渠道，联盛集团可以解决这些问题。这便是依托农村集体土地‘三权分置’改革，吸引城市资金、人才、技术等生产要素下乡，解放农民进城务工，推动城乡各类要素双向流动，破解城乡二元结构的农村土地改革的真正内涵！”
张云起