刘毅便去儿子刘肃民那里取马，刘肃民却不给。
刘毅刚一出来，便遇见王镇恶的军队，突围不成。
刘毅又到蒯恩处突围，由于士兵已作战一天，疲惫不堪，刘毅才得以从大城东门逃出。
刘毅投奔到牛牧佛寺。当初桓蔚战败时，也投奔到牛牧佛寺，寺僧昌将桓蔚藏之，刘毅便将昌和尚杀死。
第二天，百姓告诉王镇恶军，将其斩首，其子侄也全部被杀。
此战，王镇恶身先士卒，身中五箭，手中所执的槊也被射中，在手中折断。
直到江陵平定后二十天，大部队才到达。
王镇恶因此战之功，于十一月被封为汉寿县子，食邑五百户。
南地少数民族首领向博抵根占据阮头，常与晋王朝为敌，王镇恶便率军去讨伐。
临走时，王镇恶告诉荆州刺史司马休之，请求司马休之派兵以为声援，司马休之派其将朱襄助王镇恶。
可在行军途中却出现了意外。原因是太尉刘裕妒恨荆州刺史司马休之在江陵的声望，又厌恶其子在京都建康惹事。
遂于义熙十一年正月，逮捕司马休之次子司马文宝等，命其自杀。
同时以纵子凶暴为名，发兵西上，征伐司马休之。
二十七日，兵出建康。二月，司马休之上书陈述刘裕罪状，举兵迎战。
王镇恶乃带兵连夜东下，时值江水迅急，转瞬间就行了数百里。
到达之后，以竹笼盛石，堵塞水道。
朱襄军至，王镇恶率军夹岸击之，斩朱襄，杀千余人。
但王镇恶的缺点是贪，打败朱襄后，趁机停军抄掠诸蛮，未有及时返回。
五月，王镇恶至江陵，司马休之已被平定，刘裕很生气，没有按时召见他。
不久，刘裕登城唤王镇恶。王镇恶能言善辩，素有口才。便随机应变，使刘裕消了气。王镇恶又带兵追击司马休之，至国境而还。被任为游击将军。
“义熙十二年正月，后秦国王姚兴派兵攻东晋雍州，被雍州刺史赵伦之击败。为晋提供了北伐的借口。”
“二月，后秦国主姚兴病死，太子姚泓即位，兄弟争位相杀，关中骚乱。”
“四月，西秦主乞伏炽磐侵犯秦边。六月，并州匈奴部落聚众叛乱。”
“同时，夏国赫连勃勃乘机起兵扰秦边境。后秦因此内外交困，国力大减。”
“八月，刘裕以王镇恶为咨议参军，龙骧将军，领前锋。”
“晋军共分兵五路征讨后秦：王镇恶与冠军将军檀道济率步兵为前锋，自淮、肥一带向许昌、洛阳方向进攻；”
“建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率水军，趋石门，自汴水入河水；直指洛阳；”
“新野太守朱超石、宁朔将军胡藩率部由襄阳赴阳城，策应洛前锋主力，从南面进攻洛阳；”
“振武将军沈田子、建威将军傅弘之率部由襄阳趋武关，牵制关中的后秦军；”
“冀州刺史王仲德统领前锋诸军，经泗水开巨野泽入河水。”
“九月，王镇恶和檀道济进入后秦境，所向皆捷。”
“秦将王苟生献漆丘降王镇恶，徐州刺史姚掌以项城降檀道济。”
“其它要点屯守兵力，亦望风降附。”
“檀道济又破新蔡，执杀太守董遵，进克中原重镇许昌，擒获秦颍川太守姚垣及大将杨业。”
“后秦主姚泓派越骑校尉阎生率骑兵三千人，武卫将军姚益南率步兵1万前往助守。”
“洛阳守将姚洸拒纳部将赵玄集中兵力，固守金墉，以待援军建议，分兵扼守各处险要：”
“王镇恶与檀道济、沈林子等长驱而进。石无讳退还洛阳，赵玄战死。”
“晋军进逼洛阳，姚洸出降，秦军四千余人被俘。”
“义熙十三年正月，刘裕留子彭城公刘义隆镇守彭城，亲率水军自彭城西进。”
“刘裕原令前锋诸军到达洛阳后，等待后续大军会合再前进；”
“但王镇恶见后秦内乱，潼关空虚，便机断而行，于二月乘胜进击渑池，遣司马毛德祖攻蠡吾城、引兵疾趋潼关。”
“在渑池，王镇恶到李方家去拜访，见了他的母亲，厚加酬赏，任命李方作渑池令。”
“进至潼关，为秦大将军姚绍所拒，姚绍深沟高垒以自守。”
“王镇恶孤军远来，后备供应不足，便派人驰告刘裕，求发遣粮食和援军。”
“当时刘裕的水军自淮、泗入清河，准备逆黄河西上，北魏因滑台丢失而倍防刘裕，不肯借道。”
“拓跋嗣以司徒长孙嵩督山东诸军事，遣振威将军娥洁、冀州刺史阿薄干，率步骑兵10万屯黄河北岸。”
“北魏还以数千骑兵，缘黄河北岸随刘裕军西行，不时袭扰，迟滞晋军西进。”
“刘裕把王镇恶派来的人叫来，把船朝北的舷窗打开来，指著岸上的魏军。”